Gemäss epidemiologischen Studien scheint sich für Neugeborene das Risiko von Lippen- und Gaumenspalten zu erhöhen, wenn die Mutter im ersten Schwangerschaftsdrittel mit Ondansetron behandelt worden ist; widersprüchlich sind die Daten bezüglich kardialer Missbildungen. Vorsichtshalber sollte man Ondansetron im ersten Trimenon nicht einsetzen bzw. Frauen im gebärfähigen Alter, die Ondansetron benötigen, zu einer zuverlässigen Konztrazeption raten.

In Frankreich verschickter «Dear Doctor Letter»: Ondansétron: nouvelles données sur le risque de malformations congénitales après exposition in utero au cours du premier trimestre de grossesse